疾病甲基化和基因表达谱数据分析

　　实验介绍DNA甲基化（DNA methylation）是最早发现的修饰途径之一，大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。Cox比例风险回归模型（Cox’s proportional hazards regression model），简称Cox回归模型，主要用于肿瘤和其它慢性病的预后分析，也可用于队列研究的病因探索。通过对TCGA公共数据库的数据挖掘，探索甲基化与疾病预后的相关性，发现与甲基化相关mRNA，进而影响预后的基因，为疾病预后相关标志物的研究提供科学依据。

 

　　2.流程图

 

　　3.结果展示

 

　　图1 差异甲基化在基因组的分布  

 

　　图2 某位点的甲基化水平展示

 

　　图3 生存分析结果

 

　　左图从上到下依次是：Risk score分布图；生存时间/状态分布图；基因热图；右图为K-M生存曲线（p代表log-rank检验显著性）