动植物基因组Denovo测序分析

　　实验介绍动植物基因组Denovo测序分析也叫从头测序分析，不依赖于任何参考序列信息就可对某个微生物进行测序分析，使用生物信息学方法进行序列拼接获得该物种的基因组序列图谱，并进行基因组结构注释、功能注释、比较基因组学分析等一系列的后续分析，该类型测序分析结果可以广泛应用于农林鱼牧医药及海洋等各个方面。

 

　　技术应用领域

 

　　动植物基因组图谱的系统性构建:

 

　　2014年12月2日发表在Nature Communications杂志上的弹涂鱼，又称跳跳鱼，是世界上唯一一种能在陆地上活动的鱼类。它们适应独特的生境，生活在近海沿岸及河口高潮区以下的滩涂上或是咸淡水的交界处。弹涂鱼既能在水中呼吸，也能在空气中呼吸。研究显示，弹涂鱼的鱼鳃中有关氨排泄的几个基因经历了正向选择，表明它们对于弹涂鱼耐受环境氨的能力很重要。此外，研究人员还对弹涂鱼的视觉相关基因进行了研究。脊椎动物从水生向陆生过

 

　　渡是一个重要的进化事件，而弹涂鱼基因组为此提供了宝贵的信息。

 

　　复杂性状基因的研究和动植物分子育种应用:

 

　　植物育种家掌握了小麦的基于单条染色体的全基因组序列资源，便有了新的高质量工具，可以用来加速育种计划、鉴定控制复杂性状的基因，如产量、谷物质量、病害、抗虫、以及非生物逆境胁迫等。他们从而能培育出新一代更加高产和更有持续性的小麦品种，在不断变化的环境中满足人口增长的需求。

 

　　服务流程:基本分析流程图

 

　　可能的结果展示

 

　　示例图1. 系统发生树构建[1]

 

　　示例图2. 近缘物种间比较基因组分析[2]

 

　　参考文献示例图参考文献[1]Yanhua Qu，etc. Ground tit genome reveals avian adaptation toliving at high altitudes in the Tibetan plateau.nature communications, Received 21 Nov 2012 | Accepted 29 May 2013 |.

 

　　[2] Ying-hui Li,etc. De novo assembly of soybean wild relatives for pan-genome analysis of diversity and agronomic traits. Nature Biotechnology 32, 1045–1052 (2014)