lncRNA、mRNA和circRNA测序及整合分析
1实验介绍环状RNA（Circular RNA, circRNA）是区别于传统线性RNA 的一类新型RNA 分子，广泛存在于人和动植物中，是一类新的隐秘未知但功能异常强大的RNA 分子。作为一类新型的RNA 分子，circRNA 具有闭合环状结构，大量存在于真核转录组中。大部分的circRNA 是由外显子序列构成，在不同的物种中具有保守性，同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于circRNA 对核酸酶不敏感，因此比线性RNA 分子更为稳定，使得环状RNA 在作为新型临床诊断标记物的开发应用上具有明显优势。
近期研究显示，环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用，称之为竞争性內源RNA（ceRNA），能竞争性结合miRNA，从而调控靶基因的表达。因此，通过环状RNA测序，获得差异表达的circRNA，分析miRNA结合位点，挖掘circRNA与竞争性结合疾病相关的miRNA在疾病调控中的作用机制。
针对 circRNA 高通量测序数据分析，可采用去除去除 rRNA手段建库测序，因此整个测序不仅可以分析circRNA，同时也可进行蛋白编码基因(mRNA)以及长链非编码 RNA (lnc RNA)分析 。
2分析流程：
3项目服务细则：
（1）样本收集，实验组vs.对照组（每组三个样）
RNA样品总量: ≥3μg
RNA样品浓度: ≥100 ng/μL
（2）Total RNA提取；
（3）去除rRNA；
（4）建库并上机测序（整个测序不仅可以分析 circRNA，同时也可分析蛋白编码基因( mRNA)以及长链非编码 RNA (lncRNA)）；
（5）数据分析，每组12G数据量；
（6）周期：8 -10周。
4. 预期结果（部分结果展示）
（1）circRNA 表达谱研究
l circRNA鉴定
l circRNA注释
l 差异circRNA火山图
l 差异表达聚类分析
l 差异circRNA-hosting基因富集分析
l KEGG富集分析差异circRNA-hosting基因上下调统计
l circRNA起源分析
l circRNA-miRNA互作网络分析
图中红色代表miRNA，绿色代表circRNA，蓝色代表mRNA
（2）protein coding 基因差异表达分析（图表同上）
l 差异基因表达分析
l 差异基因表达水平火山图
l 差异基因聚类分析
l 差异基因GO和KEGG富集分析
l SNP和Indel分析
l 可变剪切分析
（3）lncRNA表达谱研究（图表同上）
l lncRNA筛选
l 不同样本lncRNA基因组可视化结果
l 差异lncRNA表达分析
l 差异lncRNA表达水平火山图
l 差异lncRNA聚类分析
（4）整合分析
l lncRNA、mRNA表达量比较
l lncRNA、mRNA长度比较
l lncRNA、mRNA ORF分布
l lncRNA靶基因分析
l 特异lncRNA与mRNA网络互作分析
5. 验证实验
qPCR验证显著差异circRNA、lncRNA和mRNA的表达量。
