RNA-seq 和甲基化测序整合分析

　　1实验介绍基因组DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰方式，是调控细胞分化发育过程中基因表达的主要机制之一，它并不改变基因序列，但是可以遗传给后代，容易受外界环境的影响而发生改变，在胚胎发育、干细胞分化、癌症发生等方面发挥着重要的作用。结合RNA-seq和甲基化测序可以进一步了解基因表达量与DNA甲基化之间的相关性，从转录调控着手深入分析疾病的发病机理。

 

　　2分析流程：

　　3项目服务细则：

 

　　（1） 样本收集：

 

　　RNA-seq：实验组vs.对照组（每组三个样）

 

　　甲基化测序：实验组vs.对照组（每组三个样）

 

　　RNA样品总量: ≥3μg，RNA样品浓度: ≥100 ng/μL，纯度OD260/280≥2.0；完整性RIN≥8.0；

 

　　DNA总量≥2μg1，DNA浓度≥50 ng/μL，纯度OD260/280在1.8-2.0之间

 

　　（2）Total RNA提取，DNA抽提；

 

　　（3）建库并上机测序，转录组测序每个样本平均数据量6G；甲基化测序每个样本平均数据量12G；

 

　　（4）数据分析；

 

　　（5）周期：8 -10周。

 

　　预期结果（部分结果展示）

 

　　（（1）甲基化位点的分布

　　（2）差异甲基化区域（DMR）的分布

　　（3） DMR分布circos图

　　（4）与DMR有交集的promoter下游基因的功能分析

　　（5）针对DMR区域的转录因子基序富集分析

　　6）DNA甲基化谱-基因表达谱关联分析

 

　　a. 关联的差异基因DMR分布

　　b.功能分析

 

　　与DMR关联的显著差异表达基因KEGG代谢通路富集分析结果

　　c. 转录调控网络分析

　　转录调控网络（图中菱形为转录因子，红色点为上调差异基因，绿色为下调差异基因，红色线代表转录因子与该靶基因的结合位点与高甲基化的DMR有交集，绿色线代表该转录因子与靶基因的结合位点与低甲基化的DMR有交集）