RNA-seq 和ChIP-seq数据关联分析

　　1实验介绍ChIP-Seq 的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ ChIP ）特异性地富集目的蛋白A结合的 DNA 片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的 DNA 片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息。另外，通过对A基因过表达或敲除/干扰后，进行RNA-seq，寻找A基因影响的下游基因，通过ChIP-seq和RNA-seq的整合，进一步分析A调控的基因和及其结合位点，并通过real time PCR和双荧光素酶系统等实验进行验证。

 

　　2目的：

 

　　筛选目的蛋白调控的靶基因及结合位点。

 

　　3实验步骤：

 

　　（1） 野生型和A基因干扰后两组细胞的RNA-seq，每组三个样，测序数据量6G/sample；

 

　　（2） A蛋白的ChIP-seq（需要有A蛋白ChIP级别的抗体），三个重复，测序数据量 10M reads /sample，DNA样品总量：≥50ng，DNA样品浓度： ≥10ng/μL；

 

　　（3） ChIP-seq Peak 区域分析；

 

　　（4） RNA-seq差异表达基因分析；

 

　　（5） 高级分析及整合分析；

 

　　（6） 实验验证。

 

　　4实验思路：

　　参考文献（1）Laurent A, Calabrese M, Warnatz HJ, et al. ChIP-Seq and RNA-Seq Analyses Identify Components of the Wnt and Fgf Signaling Pathways as Prep1 Target Genes in Mouse Embryonic Stem Cells [J]. PLos One, 2015.

 

　　（2）Jones CJ, Newsom D, Kelly B, et al. ChIP-Seq and RNA-Seq reveal an AmrZ-mediated mechanism for cyclic di-GMP synthesis and biofilm development by Pseudomonas aeruginosa[J]. PLoS Pathog, 2014, 10(3).

 

　　（3）Zhang X, Jin J Y, Wu J, et al. RNA-Seq and ChIP-Seq reveal SQSTM1/p62 as a key mediator of JunB suppression of NF-κB-dependent Inflammation[J]. Journal of Investigative Dermatology, 2014.